A exposição permanente apresenta aos visitantes, no piso -1 e no piso 0, a História patrimonial do Aljube e alguns vestígios arqueológicos.
A porta principal da antiga Cadeia do Aljube está hoje encerrada, embora conservada como evidência do antigo estabelecimento prisional.
O piso 1 aborda a ascensão e queda dos fascismos e disponibiliza uma breve história de Portugal entre 1890 e 1976, mostrando igualmente exemplos do que foi a censura sobre os meios de comunicação social e a produção livreira e discográfica durante a ditadura (1926-1974). Segue-se a referência às "certezas indiscutíveis" do regime de Salazar ("Deus, Pátria e Família") e, em contraponto, a importância da imprensa clandestina, como único veículo de informação sobre o que realmente se passava no país e no mundo, assumindo a expressão livre de ideias e convicções.
A clandestinidade é igualmente evocada, enquanto modo de resistência, quando todos os que não se vergavam à ditadura eram vistos e tratados como suspeitos. Do mesmo modo, ilustra-se o que foi a natureza tentacular da polícia política em Portugal e o papel dos tribunais políticos, meros executores das ordens da polícia e dos seus responsáveis.
No Piso 2, ilustra-se como foram muitos e diversificados os modos de organização da resistência antifascista. Do plano individual ao coletivo, em diferentes contextos sociais, políticos e ideológicos, milhares de homens e mulheres dedicaram a sua vida ao combate contra o regime instalado em Portugal.
De modo sucinto, resume-se o funcionamento conjugado do poder policial e judicial da ditadura, mostrando as suas diferentes etapas a partir do momento em que alguém era detido.
Os processos de identificação dos presos, a natureza dos interrogatórios, geralmente violentos e de grande pressão psicológica e a utilização sistemática da tortura são outros temas abordados, mostrando-se igualmente a complexa teia de prisões e campos de concentração instalados nas diferentes colónias, para onde era frequente a deportação arbitrária dos presos.
A resistência dos homens e mulheres encarcerados sempre se exprimiu através de mil e uma maneiras, designadamente pela sua organização clandestina e pela preparação de fugas, individuais ou coletivas.
Finalmente recorda-se neste piso o isolamento prolongado em celas disciplinares ou, como foi o caso na Cadeia do Aljube, em celas de dimensões mínimas (os curros ou gavetas), que foi uma das práticas de tortura mais usada pela polícia política, tendo em vista destruir a capacidade de resistência dos presos.
No Piso 3, o visitante pode conhecer aspetos marcantes do colonialismo, das lutas de libertação dos povos coloniais e da guerra colonial e, bem assim, da solidariedade de muitos portugueses com essa luta.
Neste piso evocam-se ainda muitos opositores que ficaram pelo caminho, vítimas do sistema repressivo da ditadura.
A conquista da liberdade e da democracia a 25 de Abril de 1974 foi, sem dúvida, como escreveu Sophia de Mello Breyner Andresen, o dia inicial inteiro e limpo.
A exposição permanente termina com o empenhamento do Museu do Aljube na preservação e divulgação da Memória Histórica enquanto atos de Cultura e de Cidadania.
O Museu do Aljube Resistência e Liberdade possui no último andar do edifício um Auditório destinado à promoção de iniciativas no âmbito da sua missão.
No mesmo piso está instalada um espaço de exposições temporárias com uma vista panorâmica sobre a cidade e o Tejo.
